DOCS

工具总览

AI 研究全流程工具选择矩阵

1. 工具选择矩阵

flowchart TD
    subgraph ["调研"]
        A[Elicit] --> B(文献检索)
        C[Sci-Reasoning] --> D(创新分析)
    end

    subgraph ["实现"]
        E[Claude Code] --> F(代码生成)
        G[LangGraph] --> H(工作流编排)
    end

    subgraph ["写作"]
        I[Prism] --> J(论文写作)
        K[PaperBanana] --> L(图表生成)
    end

    subgraph ["审稿"]
        M[Claude + GPT-5.2] --> N(多模型审稿)
    end
任务阶段推荐工具备选方案选择理由
文献检索ElicitConsensus, Semantic Scholar1.25亿+论文, 自动化综述
文献管理Zotero-MCPMendeley, PapersClaude 集成, 语义搜索
代码生成Claude CodeGPT-5.2, Codex200K上下文, 80.9% SWE-bench
Agent编排LangChain/LangGraphCrewAI, AutoGen灵活工作流, 强大社区
论文写作PrismOverleafGPT-5.2 集成, LaTeX 原生
审稿模拟Claude + GPT-5.2Gemini Pro多模型交叉验证
画图PaperBanana + MermaidD3.js, Figma自动化 + 版本控制

2. 工具能力对比

2.1 LLM 能力对比

模型上下文SWE-benchARC-AGI适用场景
Claude Opus 4.6200K80.9%-长文档、代码
GPT-5.2 Pro--90%+复杂推理
GPT-5.2 Thinking---深度分析
Gemini 2.5 Pro1M+-49.35%超长文档

2.2 文献检索工具对比

工具论文数特色价格
Elicit1.25亿+自动化综述免费+付费
Semantic Scholar2亿+AI驱动免费
Consensus-证据搜索免费+付费
Scite-引用质量付费

3. 快速参考

3.1 常用命令速查

# Claude Code
npm run dev          # 启动开发服务器
astro build          # 构建项目
astro preview        # 预览构建结果

# MCP
mcp list             # 列出已安装的 MCP 服务器
mcp install zotero   # 安装 Zotero-MCP

# 文献检索
elicit search "topic"  # Elicit 搜索

3.2 关键链接汇总

资源链接
Sci-Reasoninghttps://github.com/AmberLJC/Sci-Reasoning
The AI Scientisthttps://github.com/SakanaAI/AI-Scientist
Elicithttps://elicit.com
Prismhttps://openai.com/prism/
claude-scientific-skillshttps://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills
LangChainhttps://github.com/langchain-ai
LlamaIndexhttps://github.com/run-llama

4. 根目录项目/论文内容并入说明

以下内容来自你根目录的项目与论文文件, 已并入现有章节（未上传 PDF 文件本体）：

来源并入内容已落地章节
2601.14525 + Automated-AI-Researcherexecution-grounded 自动科研执行闭环（idea→patch→run→feedback）idea/projects, code/agents
2601.20833 + Idea2Paperpre-computation + KG + anchored review 的叙事生成路线idea/projects
2601.23265 + PaperBanana自动学术插图框架、基准与工程策略figures/tools
AutoFigure-edit README方法图到可编辑 SVG 的工程流水线实践figures/tools

4.1 额外说明

  • AI research.md 的增量内容已融合到现有章节正文（idea / code / figures / writing / review / tools），未新增独立来源页。
  • vibe 三文档已先做并集去重，再融合到现有 2. 代码实现 及相关工作流章节。
  • 严格来源映射表见 library/01-root-assets 的“严格映射清单（来源 → 现有章节）”。

5. Book 实战增补（逐篇并入）

5.1 1) VSCode Agent Skills：从启用到复用

来源：book/在_VScode_中玩转_Agent_Skills（科研工作者必备skill推荐_一定要收藏）.md

5.1.1 详细步骤（VSCode 路线）

  1. 打开设置并启用 chat.useAgentSkills。
  2. 在项目内创建目录：.github/skills/<skill-name>/。
  3. 创建 SKILL.md，写清触发条件、输入输出、执行步骤。
  4. 按需添加资源文件（示例、脚本、模板）。
  5. 在会话中通过任务描述触发，验证 skill 是否被自动加载。

5.1.2 复用策略

  • 优先复用社区技能库，再做本地改造；
  • 改造时优先替换路径、命名、验证命令；
  • 先用小样本测试，再扩展到完整任务。

5.1.3 文章细节补充（VSCode 实操顺序）

  1. 先创建一个最小 skill（仅 1 个步骤），验证可触发。
  2. 再添加 workflow-example 与脚本资源，验证可读取。
  3. 最后引入社区 skill 并本地改造，避免一次导入过大难排错。

5.1.4 推荐社区资源（与原文一致）

  • awesome-copilot（社区技能集合）
  • anthropics/skills（官方参考）
  • K-Dense-AI/claude-scientific-skills（科研场景）

5.2 2) 三 CLI 联动：Claude + Codex + Gemini

来源：book/老金开源_Claude4_5_Codex5_1_Gemini3_3大顶级CLI终极联动整合技巧_省钱_高质量_快_.md

5.2.1 详细步骤（最小可跑版）

  1. 安装三个 CLI：Claude Code、Codex CLI、Gemini CLI。
  2. 配置 API 与认证（优先图形化管理，避免手工环境变量错误）。
  3. 先从 Command 模式启动：分析 → 生成 → 审查。
  4. 任务稳定后升级到 Skill 模式（保存中间结果与重试机制）。
  5. 长周期协作用 MCP 打通上下文，再按需引入 Subagent 与 Hooks。

5.2.2 五种编排方式对照

方式适用风险
Command快速、一次性任务复用差、可观测性弱
Skill多步骤稳定流程初期配置成本较高
MCP长会话与系统互联服务器与权限管理复杂
Subagent并行提速token 成本上升
Hooks自动质检误触发与调试复杂

5.2.3 常见坑提醒

  • CLI 订阅/授权失效；
  • 代理/网络导致认证失败；
  • sandbox 权限不足导致写入失败；
  • 多模型切换后输出格式漂移。

5.2.4 文章细节补充（三CLI联动最小命令）

# 1) 安装
npm i -g @anthropic-ai/claude-code
npm i -g @openai/codex
npm i -g @google/gemini-cli

# 2) 鉴权（示意，按各自官方流程）
gemini auth login
codex auth login

# 3) 在 Claude 内先跑 Command 模式
/ai-team "实现一个最小登录接口并附测试"

5.2.5 五编排方式的选型建议（更细）

  • 30 分钟内一次性任务：Command
  • 反复执行的标准流程：Skill
  • 需要跨系统持久上下文：MCP
  • 模块可并行且预算允许：Subagent
  • 固定时机自动质检：Hooks